免疫系统在决定人乳头瘤病毒感染的自然史和人乳头瘤病毒所引起相关疾病的结局上具有重要作用，男科长期存在和复发的根本原因在于机体对于人乳头瘤病毒的感染不能建立十分有效的免疫应答。

　　人乳头瘤病毒感染后机体建立有效的细胞免疫反应涉及到病毒抗原提呈，免疫反应激活和效应细胞清除病毒感染的靶细胞等三个环节。其中任何一个或多个环节发生障碍即可导致细胞免疫的功能缺陷。研究表明在人乳头瘤病毒持续性感染及人乳头瘤病毒引起的部分宫颈癌患者中存在着免疫逃逸或免疫缺陷。