有研究表明，人乳头瘤病毒DNA甲基化与人乳头瘤病毒相关的肿瘤，如肛周、头、颈部肿瘤有关系T。MeganA.Clarke等研究发现人乳头瘤病毒DNA甲基化水平与人乳头瘤病毒感染至癌症相关。人乳头瘤病毒16型是主要的致病的高危型人乳头瘤病毒。

　　研究证实具有转录活性的人乳头瘤病毒16低于1/10，分析可能由于基因甲基化作用抑制了多数人乳头瘤病毒16拷贝的活性。ErinM.Siegel证实，与正常组织相比，在宫颈癌中DAPK1，RARB，SLIT2，和WIF1基因异常甲基化，然而，APC，CDH1和FHITare确较少甲基化。

　　KimK等研究人乳头瘤病毒16E2结合位点的甲基化状态，发现其在通过不断改变状态来调节E2的功能。BadalV等首次研究在不同临床标本中人乳头瘤病毒16增强子的甲基化状态，发现其在宫颈上皮内瘤变（CIN）和浸润性宫颈癌（ICC）中较正常者低。人乳头瘤病毒病毒的甲基化已经成为一种新的生物标志物，可以帮助区分良性人乳头瘤病毒感染与癌前病变。